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在經(jīng)濟發(fā)展迅速的今天,報告不再是罕見的東西,報告中提到的所有信息應(yīng)該是準確無誤的。寫報告的時候需要注意什么呢?有哪些格式需要注意呢?下面我給大家整理了一些優(yōu)秀的報告范文,希望能夠幫助到大家,我們一起來看一看吧。
熒光定量pcr檢測報告怎么看篇一
熒光定量pcr 是一種新的實時定量檢測特定核酸技術(shù),它是核酸探針技術(shù)、熒光共振能量傳遞技術(shù)和pcr 技術(shù)的有機結(jié)合,具有特異性強、靈敏度高、重復(fù)性好、定量準確、速度快、全封閉反應(yīng)等特點,是對原有pcr 技術(shù)的革新,擴大了pcr 的應(yīng)用范圍。
實時熒光定量pcr(fq-pcr)作為熒光定量pcr技術(shù)的一種,是基于熒光能量傳遞技術(shù),通過受體發(fā)色團之間偶極-偶極相互作用,能量從供體發(fā)色基團轉(zhuǎn)移到受體發(fā)色基團,受體熒光染料發(fā)射出的熒光信號強度與dna產(chǎn)量成正比,檢測pcr 過程的熒光信號便可得知靶序列的初始濃度。它融匯pcr 技術(shù)的核酸高效擴增、探針技術(shù)的高特異性、光譜技術(shù)的高敏感性和高精確定量的優(yōu)點,直接探測pcr 過程中熒光信號的變化以獲得定量的結(jié)果。目前已在眾多領(lǐng)域有廣泛的應(yīng)用。
1、fq-pcr 在預(yù)防獸醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用
pcr 技術(shù)的應(yīng)用有許多局限,不能準確定量,假陽性率太高,只要有微量病原體存在就可以得到陽性結(jié)果,這不能完全作為診斷依據(jù),只有當一定數(shù)量的病原體存在時才有臨床意義。fq-pcr實現(xiàn)了pcr 從定性到定量的飛躍,有效解決pcr 污染和對模板定量不準確等問題。
1.1在動物病原菌檢測和鑒定中的應(yīng)用
炭疽桿菌作為人獸共患病的病原,尤其炭疽桿菌的芽胞可作為生物武器的病原。科學(xué)家在100 l 純化空氣中加入炭疽桿菌芽孢,進行fq-pcr檢測,1 h 內(nèi)炭疽桿菌的單個芽孢就被檢測到。
1.2在動物病毒檢測和鑒定上的應(yīng)用
fq-pcr已應(yīng)用于許多病原體的檢測,如對艾滋病病毒、乙型肝炎病毒dna、尖銳濕疣皮損中hpvd-na、與鼻咽癌關(guān)系密切的eb 病毒、結(jié)核分支桿菌、巨細胞病毒、a 型和b 型流感病毒等病原體的檢測。
3.3在動物寄生蟲檢測和鑒定中的應(yīng)用
常用taqman 探針。如在被感染豬和鼠組織、全血、羊水以及腦脊髓液中的弓形蟲定量,其檢測極限相當于套式pcr , 但準確率大大提高。
2、fq-pcr在畜牧業(yè)中的應(yīng)用
科學(xué)家采用taqman 探針檢測雞γ干擾素、采用rt-fq-pcr 證明中國黃牛背最長肌中cap nl mrna 表達量與宰后3 d 的牛肉嫩度高度相關(guān)等。
3、fq-pcr在其他方面的應(yīng)用
3.1在動物檢疫領(lǐng)域的應(yīng)用
fq-pcr 可對動物源性飼料、食品或其他日用品中牛羊源性成分的定量檢測。
3.2細胞因子表達定量檢測
常用fq-pcr 測定細胞因子mrna 表達情況,分析機體免疫狀態(tài)。利用fq-pcr 測定雞、豬在注射疫苗、免疫增強劑以及在感染某種疾病情況下體內(nèi)細胞因子的mrna 表達水平。
3.3環(huán)境監(jiān)測
應(yīng)用fq-pcr 對水資源及居家、辦公環(huán)境中的大腸埃希菌、藻青菌和一些寄生蟲進行監(jiān)測。
3.4轉(zhuǎn)基因生物中的應(yīng)用
用一個已知拷貝數(shù)的內(nèi)源基因作為參照,同時對樣品作內(nèi)源基因和外源基因的fq-pcr。兩者達到熒光閾值時的ct 值可得到外源基因的拷貝數(shù);fq-pcr 還可用于轉(zhuǎn)基因動物的純合性鑒定及對轉(zhuǎn)基因后外源基因表達情況進行監(jiān)測。
熒光定量pcr檢測報告怎么看篇二
實時熒光定量pcr技術(shù)是指在pcr反應(yīng)體系中加入熒光染料或熒光基團,利用熒光信號來實時監(jiān)測整個pcr進程,最后通過標準曲線對未知模板濃度進行定量分析。其特點有:
(1)用產(chǎn)生熒光信號的指示劑顯示擴增產(chǎn)物的量,進行實時動態(tài)連續(xù)的熒光監(jiān)測,避免終點定量的不準確性,并且消除了標本和產(chǎn)物的污染,且無復(fù)雜的產(chǎn)物后續(xù)處理過程。
(2)熒光信號通過熒光染料嵌入雙鏈dna,或熒光探針特異結(jié)合木得檢測物等方法獲得,打打提高了檢測的靈敏度、特異性和精確性。real-time o-pcr可以應(yīng)用于mrna表達的研究、dna拷貝數(shù)的檢測、單核苷酸多態(tài)性的測定、細胞因子的表達分析、腫瘤耐藥基因表達的研究以及病毒感染的定量監(jiān)測。實時熒光定量pcr技術(shù)的基本原理
在pcr反應(yīng)體系中加入熒光染料或熒光基團,這些熒光物質(zhì)有其特定的波長。儀器可以自動檢出,利用熒光信號積累,實時監(jiān)測整個pcr進程,在pcr循環(huán)中,測量的信號將作為熒光閾值的坐標。并且引入一個——ct值(threshold cycle)概念,ct值是指產(chǎn)生可被檢測到得熒光信號所需的最小循環(huán)數(shù),是在pcr循環(huán)過程中熒光信號由本底開始進入指數(shù)增長階段的拐點所對應(yīng)的循環(huán)次數(shù)。熒光閾值相當于基線熒光信號的平均信號標準偏差的10倍。一般認為在熒光閾值以上所測出的熒光信號是一個可信的信號,可以用于定義一個樣本的ct值。通常用不同濃度的標準樣品的ct值來產(chǎn)生標準曲線,然后計算相對方程式。
方程式的斜度可以用來檢查pcr的效率,所有標準曲線的線性回歸分析需要存在一個高相關(guān)系數(shù)(r2>0.99),這樣才能認為實驗的過程和數(shù)據(jù)是可信的,使用這個方程式計算出未知樣本的初始模板量。實時熒光定量pcr儀都有軟件,可以從標準曲線中自動地計算出未知樣本的初始模板量。實時熒光定量pcr技術(shù)的應(yīng)用 1.基因工程研究領(lǐng)域
① 基因表達研究:對β地中海貧血癥患者β與γ珠蛋白mrna水平進行檢測,其結(jié)果特異性強、定量準確,為了解β地中海貧血的分子病理機制及其臨床診斷提供了可靠的檢測數(shù)據(jù)。
② 轉(zhuǎn)基因研究:利用兩種發(fā)光探針及適當?shù)难h(huán)閾值,擴增一個轉(zhuǎn)移后的基因和一個對照基因,以分析轉(zhuǎn)基因老鼠接合性。該方法為45個轉(zhuǎn)基因動物的同型結(jié)合及異質(zhì)結(jié)合提供了明確的鑒定結(jié)果。通過實時定量pcr檢測,同型結(jié)合的異質(zhì)接合動物交配后其子代中轉(zhuǎn)基因的傳遞情況符合孟德爾遺傳規(guī)律。這項技術(shù)在轉(zhuǎn)基因動物繁育及基因劑量功能效應(yīng)實驗中將有很大的用途。③ 單核苷酸多態(tài)性(snp)及突變分析:實時熒光定量pcr一個誘人的應(yīng)用前景是用于檢測基于兩條探針和基因組的不穩(wěn)定性?;蛲蛔兓趦蓷l探針,一條探針橫跨突變點,另一條為錨定探針,與無突變位點的靶序列雜交。兩條探針用兩種不同的發(fā)光基團標記。如靶序列中無突變,探針雜交便完全配對,如有突變,則探針與靶序列不完全配對,會降低雜交體得穩(wěn)定性,從而降低其熔解溫度(tm)。這樣便可對突變和多態(tài)性進行分析。2.醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域
① 病原體檢測:由于實時熒光定量pcr方法可靠性和重復(fù)性好,并且操作簡便、快速、結(jié)果判斷客觀,目前,人們用此方法對人類免疫缺陷病毒、肝炎病毒、結(jié)核桿菌、巨細胞病毒、eb病毒、流感病毒a、流感病毒b等病原體的檢測。熒光定量pcr問世后的幾年中,積累了大量有關(guān)病原體核酸量與感染性疾病發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后之間關(guān)系的資料,這些研究資料不斷豐富,將形成感染性疾病的臨床分子診斷標準。
② 藥物療效考核:利用實時熒光定量pcr技術(shù)檢測臨床樣品中與抗藥性相關(guān)的基因的表達。結(jié)果證明,實時熒光定量pcr系統(tǒng)是定量檢測抗藥基因表達的可靠方法,應(yīng)用這種技術(shù)可以預(yù)測化療將引起的反應(yīng)。
③ 腫瘤基因檢測:腫瘤的本質(zhì)是細胞內(nèi)基因發(fā)生了變化,是一種多基因異常的疾病,這些異常變化用實時熒光定量pcr方法都可以檢測出來。
目前用此方法進行過端粒酶htert基因、慢性粒細胞性白血病bcr/abl融合基因、腫瘤mdri基因、白血病wti基因、腫瘤er基因、前列腺癌psm基因、腫瘤相關(guān)的病毒基因等多種基因的表達檢測。隨著與腫瘤相關(guān)的新基因的不斷發(fā)現(xiàn)。熒光定量pcr技術(shù)將會在腫瘤的研究中發(fā)揮更大的作用。3.其他領(lǐng)域
用實時熒光定量pcr方法對免疫組分進行分析是其應(yīng)用的重要方面。
所謂實時熒光定量pcr技術(shù),是指在pcr反應(yīng)體系中加入熒光基團,利用熒光信號積累實時監(jiān)測整個pcr進程,最后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。檢測方法
eenⅰ法: 在pcr反應(yīng)體系中,加入過量sybr熒光染料,sybr熒光染料特異性地摻入dna雙鏈后,發(fā)射熒光信號,而不摻入鏈中的sybr染料分子不會發(fā)射任何熒光信號,從而保證熒光信號的增加與pcr產(chǎn)物的增加完全同步。sybr定量pcr擴增熒光曲線圖
pcr產(chǎn)物熔解曲線圖(單一峰圖表明pcr擴增產(chǎn)物的單一性)探針法:
探針完整時,報告基團發(fā)射的熒光信號被淬滅基團吸收;pcr擴增時,taq酶的5’-3’外切酶活性將探針酶切降解,使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離,從而熒光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到熒光信號,即每擴增一條dna鏈,就有一個熒光分子形成,實現(xiàn)了熒光信號的累積與pcr產(chǎn)物的形成完全同步。服務(wù)流程
1.客戶認真寫好訂單,提供待檢基因相關(guān)信息; 2.簽訂技術(shù)服務(wù)合同,支付預(yù)付款(30-50%);
3.設(shè)計合成定量pcr引物(或客戶提供文獻引物委托本公司合成); /rna的抽提、定量、rna反轉(zhuǎn)錄;
預(yù)實驗,主要檢測引物的特異性和擴增效率; 6.正式定量實驗:對所有樣品上機檢測; 7.實驗結(jié)果和數(shù)據(jù)分析,形成報告。收費標準
優(yōu)惠包干價:120元/樣/基因(sybrgreeni法,相對定量)
(含rna提取,反轉(zhuǎn)錄,引物合成費用,上機測試費用(3個重復(fù));一個內(nèi)參免費(內(nèi)參3個重復(fù))ct值(cycle threshold,循環(huán)閾值)的含義為:每個反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號到達設(shè)定閾值時所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)
(如圖1所示)。
1.熒光閾值(threshold)的設(shè)定
pcr反應(yīng)的前15個循環(huán)的熒光信號作為熒光本底信號,熒光閾值的缺?。J)設(shè)置是3-15個循環(huán)的熒光信號的標準偏差的10倍,即:threshold = 10*sdcycle 3-15 值與起始模板的關(guān)系
每個模板的ct值與該模板的起始拷貝數(shù)的對數(shù)存在線性關(guān)系,公式如下。ct=-1/lg(1+ex)*lgx0+lgn/lg(1+ex)n為擴增反應(yīng)的循環(huán)次數(shù),x0為初始模板量,ex為擴增效率,n為熒光擴增信號達到閾值強度時擴增產(chǎn)物的量。
起始拷貝數(shù)越多,ct值越小。利用已知起始拷貝數(shù)的標準品可作出標準曲線,其中橫坐標代表起始拷貝數(shù)的對數(shù),縱坐標代ct值。因此,只要獲得未知樣品的ct值,即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數(shù)。實時熒光定量pcr所使用的熒光物質(zhì)可分為兩種:熒光探針和熒光染料?,F(xiàn)將其原理簡述如下: 熒光探針:pcr擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針,該探針為一寡核苷酸,兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時,報告基團發(fā)射的熒光信號被淬滅基團吸收;pcr擴增時,taq酶的5'-3'外切酶活性將探針酶切降解,使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離,從而熒光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到熒光信號,即每擴增一條dna鏈,就有一個熒光分子形成,實現(xiàn)了熒光信號的累積與pcr產(chǎn)物形成完全同步。而新型taqman-mgb探針使該技術(shù)既可進行基因定量分析,又可分析基因突變(snp),有望成為基因診斷和個體化用藥分析的首選技術(shù)平臺。
熒光染料:在pcr反應(yīng)體系中,加入過量sybr熒光染料,sybr熒光染料非特異性地摻入dna雙鏈后,發(fā)射熒光信號,而不摻入鏈中的sybr染料分子不會發(fā)射任何熒光信號,從而保證熒光信號的增加與pcr產(chǎn)物的增加完全同步。sybr僅與雙鏈dna進行結(jié)合,因此可以通過溶解曲線,確定pcr反應(yīng)是否特異。3.分子信標:是一種在5和3末端自身形成一個8個堿基左右的發(fā)夾結(jié)構(gòu)的莖環(huán)雙標記寡核苷酸探針,兩端的核酸序列互補配對,導(dǎo)致熒光基團與淬滅基團緊緊靠近,不會產(chǎn)生熒光。pcr產(chǎn)物生成后,退火過程中,分子信標中間部分與特定dna序列配對,熒光基因與淬滅基因分離產(chǎn)生熒光。1.傳統(tǒng)定量pcr方法簡介
1)內(nèi)參照法:在不同的pcr反應(yīng)管中加入已定量的內(nèi)標和引物,內(nèi)標用基因工程方法合成。上游引物用熒光標記,下游引物不標記。在模板擴增的同時,內(nèi)標也被擴增。在pcr產(chǎn)物中,由于內(nèi)標與靶模板的長度不同,二者的擴增產(chǎn)物可用電泳或高效液相分離開來,分別測定其熒光強度,以內(nèi)標為對照定量待檢測模板。2)競爭法:選擇由突變克隆產(chǎn)生的含有一個新內(nèi)切位點的外源競爭性模板。在同一反應(yīng)管中,待測樣品與競爭模板用同一對引物同時擴增(其中一個引物為熒光標記)。擴增后用內(nèi)切酶消化pcr產(chǎn)物,競爭性模板的產(chǎn)物被酶解為兩個片段,而待測模板不被酶切,可通過電泳或高效液相將兩種產(chǎn)物分開,分別測定熒光強度,根據(jù)已知模板推測未知模板的起始拷貝數(shù)。
3)pcr-elisa法:利用地高辛或生物素等標記引物,擴增產(chǎn)物被固相板上特異的探針所結(jié)合,再加入抗地高辛或生物素酶標抗體-辣根過氧化物酶結(jié)合物,最終酶使底物顯色。常規(guī)的pcr-elisa法只是定性實驗,若加入內(nèi)標,作出標準曲線,也可實現(xiàn)定量檢測目的。2.內(nèi)標在傳統(tǒng)定量中的作用
由于傳統(tǒng)定量方法都是終點檢測,即pcr到達平臺期后進行檢測,而pcr經(jīng)過對數(shù)期擴增到達平臺期時,檢測重現(xiàn)性極差。同一個模板在96孔pcr儀上做96次重復(fù)實驗,所得結(jié)果有很大差異,因此無法直接從終點產(chǎn)物量推算出起始模板量。加入內(nèi)標后,可部分消除終產(chǎn)物定量所造成的不準確性。但即使如此,傳統(tǒng)的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。3.內(nèi)標對定量pcr的影響
若在待測樣品中加入已知起始拷貝數(shù)的內(nèi)標,則pcr反應(yīng)變?yōu)殡p重pcr,雙重pcr反應(yīng)中存在兩種模板之間的干擾和競爭,尤其當兩種模板的起始拷貝數(shù)相差比較大時,這種競爭會表現(xiàn)得更為顯著。但由于待測樣品的起始拷貝數(shù)是未知的,所以無法加入合適數(shù)量的已知模板作為內(nèi)標。也正是這個原因,傳統(tǒng)定量方法雖然加入內(nèi)標,但仍然只是一種半定量的方法。實時熒光定量pcr技術(shù)有效地解決了傳統(tǒng)定量只能終點檢測的局限,實現(xiàn)了每一輪循環(huán)均檢測一次熒光信號的強度,并記錄在電腦軟件之中,通過對每個樣品ct值的計算,根據(jù)標準曲線獲得定量結(jié)果。因此,實時熒光定量pcr無需內(nèi)標是建立在兩個基礎(chǔ)之上的: 1)ct值的重現(xiàn)性pcr循環(huán)在到達ct值所在的循環(huán)數(shù)時,剛剛進入真正的指數(shù)擴增期(對數(shù)期),此時微小誤差尚未放大,因此ct值的重現(xiàn)性極好,即同一模板不同時間擴增或同一時間不同管內(nèi)擴增,得到的ct值是恒定的。
2)ct值與起始模板的線性關(guān)系由于ct值與起始模板的對數(shù)存在線性關(guān)系,可利用標準曲線對未知樣品進行定量測定,因此,實時熒光定量pcr是一種采用外標準曲線定量的方法。
外標準曲線的定量方法相比內(nèi)標法是一種準確的、值得信賴的科學(xué)方法。利用外標準曲線的實時熒光定量pcr是迄今為止定量最準確,重現(xiàn)性最好的定量方法,已得到全世界的公認,廣泛用于基因表達研究、轉(zhuǎn)基因研究,藥物療效考核、病原體檢測等諸多領(lǐng)域。各級各類醫(yī)療機構(gòu)、大學(xué)及研究所、cdc、檢驗檢疫局、獸醫(yī)站、食品企業(yè)及乳品廠等。
由于qpcr是實時定量檢測致病病原體基因核酸,因此它比化學(xué)發(fā)光、時間分辨、蛋白芯片等免疫學(xué)方法更具獨到優(yōu)勢。
熒光定量pcr檢測報告怎么看篇三
熔解曲線耐藥結(jié)核檢測技術(shù)的原理及應(yīng)用 隨著抗結(jié)核藥物的廣泛使用,耐多藥結(jié)核病人不斷增加。耐多藥結(jié)核?。╩ultidrug resistant tuberculosis,mdr-tb)是指至少同時對利福平(rifampin,rif)和異煙肼(isoniazid,inh)這兩種一線抗結(jié)核藥物耐藥。傳統(tǒng)的藥物敏感實驗(drug susceptibility test,dst)時間長,不利于耐多藥結(jié)核病患者的及時診治。因此,發(fā)展一種快速檢測耐多藥結(jié)核病的分子生物學(xué)檢測技術(shù)對于耐多藥結(jié)核病的早期診斷和治療十分重要。
一、熔解曲線耐藥結(jié)核檢測技術(shù)的發(fā)展
結(jié)核分枝桿菌利福平耐藥突變檢測試劑盒和結(jié)核分枝桿菌異煙肼耐藥突變檢測試劑盒于2013年1月獲頒國家食品藥品監(jiān)督管理局(sfda)醫(yī)療器械注冊證書,同時,“中國—比爾蓋茨基金會”已將該試劑盒納入該基金會2013年產(chǎn)品驗證目錄。2016年9月,sfda批準了另外三種試劑盒:“結(jié)核分枝桿菌氟喹諾酮類藥物耐藥突變檢測試劑盒”、“結(jié)核分枝桿菌鏈霉素耐藥突變檢測試劑盒”和“結(jié)核分枝桿菌乙胺丁醇耐藥突變檢測試劑盒”,分別用于檢測結(jié)核分枝桿菌對氟喹諾酮類藥物、鏈霉素藥物和乙胺丁醇藥物耐藥性,可用于臨床上結(jié)核病的輔助診斷。這些產(chǎn)品上市,有利于對耐多藥結(jié)核病患者及時診治,從而更好地控制與治療結(jié)核病。
二、熔解曲線耐藥結(jié)核檢測的工作原理
結(jié)核分枝桿菌異煙肼、利福平、氟喹諾酮、鏈霉素、乙胺丁醇耐藥突變檢測試劑盒均采用熒光
pcr熔解曲線法進行檢測。熒光pcr熔解曲線法是一種簡單快速的pcr檢測技術(shù),其主要檢測原理為耐藥基因的基因突變會導(dǎo)致dna雙鏈的結(jié)合力下降,從而導(dǎo)致相應(yīng)的dna熔解溫度(tm值)下降,即野生型基因有特定的tm值,而突變型基因因為結(jié)合能力下降導(dǎo)致tm值發(fā)生變化[1],tm值下降的幅度與發(fā)生錯配的堿基數(shù)目、類型和位置有關(guān),據(jù)此可以區(qū)分和檢測出突變型和野生型。
三、熔解曲線耐藥結(jié)核檢測產(chǎn)品結(jié)構(gòu)
tb酶混合液;② 對照結(jié)核分枝桿菌利福平耐藥突變檢測試劑盒包含:① 擴增試劑:pcr mix a、pcr mix b及試劑:陽性對照,含四個野生型擴增靶基因的質(zhì)粒;③ tb陰性對照:不含靶基因的溶液。
四、熔解曲線耐藥結(jié)核檢測的突變位點[2]
抗結(jié)核檢測的突變位點 藥物 rfp rpob 507~534核心區(qū)位點 inh ahpc啟動子區(qū)(-44~-30以及-15~3位點)、inha94密碼子、inha啟動子區(qū)(-17~-8位點)以及katg315 密碼子
emb sm embb306、embb378-380、embb406及embb497四個常見突變位點
rpsl43、rpsl88密碼子,rrs513~517位點和rrs905~908位點
五、熔解曲線耐藥結(jié)核檢測的優(yōu)點① 熔解曲線檢測試劑盒是目前市場上檢測項目最齊全的試劑盒,可實現(xiàn)mdr和xdr一步檢測
② 實驗全程采用閉管法操作,無pcr后處理,降低了擴增產(chǎn)物交叉污染的發(fā)生率[3]
③ 檢測時間較短(在3小時內(nèi)完成),可實現(xiàn)自動判讀④ 可在現(xiàn)有的實時熒光定量pcr分析儀上操作,不需要昂貴的專用設(shè)備熔解曲線法與現(xiàn)有其他檢測方法相比,檢測項目更為齊全,并且可在3h左右獲得藥敏結(jié)果,適用于耐多藥結(jié)核病的快速篩查,有利于更快的對耐多藥患者進行診斷治療并減少耐多藥患者的傳播。這種檢測方法對于我國結(jié)核病患者和結(jié)核病策略的影響還需要進行大范圍的、進一步的調(diào)查研究。
參考文獻: [1] 蔡挺,李巧云,張順,等?;蛐酒夹g(shù)檢測常見革蘭陰性桿菌 耐藥基因的研究[j]。中華醫(yī)院感染學(xué)雜志,2011,21(21):4411-4414
[2] 嚴虹,施旭東,胡春梅,等。探針熔解曲線法快速檢測結(jié)核分枝桿菌利福平、異煙肼、乙胺丁醇及鏈霉素耐藥突變。臨床檢驗雜志,2015,33(10):729-733
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熒光定量pcr檢測報告怎么看篇四
乙型肝炎病毒核酸定量檢測試劑盒
樣本要求
1.適用標本類型:血清或血漿 2.標本采集
1)血清:用一次性無菌注射器抽取受檢者靜脈血2毫升,注入無菌的干燥玻璃管,室溫放置30—60min,血標本可自發(fā)完全凝集析出血清,或直接使用水平離心機,1500 rpm離心5分鐘,吸取上層血清,轉(zhuǎn)移至1.5ml滅菌離心管
2)血漿:用一次性無菌注射器抽取受檢者靜脈血2毫升,注入含edta-2k或枸櫞酸鈉的玻璃管,立即顛倒玻璃管混合5—10次,使抗凝劑和靜脈血充分混勻,5—10分鐘后即可分離血漿,轉(zhuǎn)移至1.5 ml滅菌離心管
3.標本保存與運送:所采集的標本可立即用于測試,也可以保存在—20℃待測,保存期為6個月,標本運送采用0℃冰壺。檢驗方法
提取(樣品制備區(qū))
將待測樣本、陽性定量參考品、陰性質(zhì)控品、hbv 強陽性質(zhì)控品、hbv臨界陽性質(zhì)控品進行同步處理。1)取200μl樣品,加入450μldna提取液i和4μl的內(nèi)標溶液,用振蕩器劇烈混勻15秒,瞬時離心數(shù)秒。100℃恒溫處理10±1分鐘 2)12000rpm離心5分鐘,備用 試劑準備(試劑準備區(qū))直接使用hbv-pcr反應(yīng)管 3.加樣(樣品制備區(qū))
往上述hbv反應(yīng)管中用帶濾芯吸嘴分別加入待測樣本、陰性質(zhì)控品、hbv 強陽性質(zhì)控品、hbv臨界陽性質(zhì)控品和陽性定量參考品的上清液各20μl。蓋緊管蓋,8000rpm離心數(shù)秒后轉(zhuǎn)移至擴增檢測區(qū)。
擴增(擴增和產(chǎn)物分析區(qū))5.結(jié)果分析
反應(yīng)結(jié)束后自動保存結(jié)果,根據(jù)分析后的圖像調(diào)節(jié)baseline值得start值、end值以及threshold值,點擊analysis自動獲取分析結(jié)果,在repoet界面查看結(jié)果,記錄未知樣本數(shù)值(c)6.質(zhì)量控制
(1)陰性質(zhì)控品:fam通道無對數(shù)增長期或ct值等于30,vic檢測通道擴增曲線為明顯對數(shù)增長期
(2)hbv陽性質(zhì)控品:fam通道有明顯的對數(shù)增長期且ct值小于30(3)hbv陽性定量參考品:fam通道有明顯的對數(shù)增長期,呈典型s形曲線。ct<29且r2>0.98 7.結(jié)果判斷(1)如果在fam通道無明顯的對數(shù)增長期或ct值等于30,在vic檢測通道擴增曲線有對數(shù)增長期,則判定樣本的hbv dna濃度小于檢測靈敏度。(2)如果在fam通道有對數(shù)增長期或ct值小于30 則1)若樣本的c<100,則樣本的hbv dna濃度<100iu/ml 2)若樣本的100《c《5.00e+008,則樣本的hbv dna濃度= c iu/ml 3)若樣本的c>5.00e+008,則樣本的hbv dna濃度>5×10 ? iu/ml
熒光定量pcr檢測報告怎么看篇五
實時熒光定量pcr檢測限的統(tǒng)計推斷
來源:中國論文下載中心
作者:王文清,王昌富,袁琳,彭長華,常武
【摘要】 檢測限是檢測方法的重要性能指標,用poisson分布的概率函數(shù)分式計算一次抽樣檢測出現(xiàn)的結(jié)果推論總體出現(xiàn)該結(jié)果的概率。以實時熒光定量pcr(fqpcr)檢測乙型肝炎病毒dna結(jié)果為例,計算可知,一次抽樣反應(yīng)管的檢測結(jié)果≥4時,才可推論總體與0(空白)差異有顯著性(p<0.05)。因而檢測血清中病原體時擴增反應(yīng)管中的檢測限是4拷貝/ul計算也可知,1拷貝/ul表示一次抽樣的結(jié)果為0的概率可達0.368,結(jié)果在0拷貝/ul~4拷貝/ul的概率為0.996,而1000拷貝/ml表示一次抽樣結(jié)果為0的概率為0。結(jié)果在905拷貝/ml~1 095拷貝/ml的概率為0.997;而100 000拷貝/l表示一次抽樣結(jié)果在997 000拷貝/l~1 003 000拷貝/l的概率為0.997。抽樣單位ul不能隨意放大為ml甚至l。
【關(guān)鍵詞】 實時熒光定量pcr;檢測限;統(tǒng)計推斷
statistical conclusion of limit of quqntitation in realtime fluorescence quantitative pcr
abstract:limit of quantiation is a important performance index of assay s of sample drawing are calculated through possiblity function equation of poisson distribution,then the possibility of results emerged in population is example,in realtime fluorescence quantitaive pcr to assay hbv dna,only when sample drawing results≥4,significance of difference(p<0.05)could be deduced between population and limit of quantitation is 4 copies/ul denoting 0 in one sample drawing is 0,and possibility of results between 905 copies/ml to 1095 copies/ml is ility of 100 000 copies/l denoting results between 997 000 copies/l to 1 003 000 copies/l in one sample drawing is drawing unit ul could not be replace by ml or words:realtime fluorescence quantitative pcr;limit of quantitation;statistical conclusion
檢測限是檢測方法的重要性能指標,只有在檢測報告中明確表達了檢測方法的檢測限,該檢測報告在各實驗間及同一項目的各種檢測方法間才可進行比較。能檢測到的最低分析物濃度為檢測系統(tǒng)的檢測限。當前,檢測限術(shù)語混亂,如:靈敏度(sensitivity)、分析靈敏度(analllytical sensitivity)、定量限度(limit of quantitqtion)等[1]。每個詞語的實際含義中包含有各自的實驗方式、數(shù)據(jù)處理方式及由數(shù)據(jù)作出的推論等。我們采用統(tǒng)計學(xué)方法,以期得到一致的實時熒光定量pcr(realtime fluorescence quantitative polymerase chain reaction,fqpcr)檢測限,現(xiàn)介紹如下。
文獻中fqpcr檢測限的描述
檢測乙型肝炎病毒dna的文獻中檢測限使用了“最低檢出量”[2,3]、靈敏度[5~7]等術(shù)語,它等于已知的高拷貝hbv dna血清10倍系列稀釋后能檢測到擴增曲線的最大稀釋倍數(shù)管濃度。表述有:陰性hbv dna≤106拷貝/升[4];熒光定量pcr法檢測靈敏度102拷貝/ml[5]、104拷貝/ml[6]、8.6×102拷貝/ml[7];hcⅱ法檢測靈敏度1.4×105拷貝/ml[7];103 eq/ml理論值時到達檢測極限[3];pcrfp檢測hbv dna的最低檢測出量1×101拷貝[2];bdna在105 eq/ml時到達檢測極限[3]。以上檢測限術(shù)語各不相同,且同一方法檢測hbv dna在上述各實驗室發(fā)出同樣的“hbv dna低于檢測下限”的報告時其實際hbv dna拷貝數(shù)相差可達100倍。
fqpcr檢測過程簡介
以測定血清乙型肝炎病毒dna為例:將40 μl血清樣本加40 μl dna提取液處理后,將其中2 μl(相當于1 μl血清)加入主反應(yīng)液(含dna引物、酶、dna構(gòu)件分子dntp等)管中,在自動熱循環(huán)上進行溫度循環(huán),自動熱循環(huán)儀記錄每一反應(yīng)管在每一次溫度循環(huán)的熒光強度,記30次溫度循環(huán)后結(jié)束。在pcr循環(huán)過程中,每個反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號到達設(shè)定的域值時所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)稱為ct值(cyclethreshold),它與反應(yīng)管中dna起始拷貝數(shù)的對數(shù)值(lgn)呈非常顯著的直線相關(guān)關(guān)系。自動熱循環(huán)儀對標準樣品自動生成一條ct值對于起始拷貝數(shù)值(lgn)的工作曲線,并通過該工作曲線來確定待測未知樣品反應(yīng)管的起始拷貝數(shù)(n)。當30次循環(huán)后某一待測管仍檢測不到高于基線水平的熒光信號時,儀器默認ct值為30,不計算起始拷貝。確定fqpcr檢測限的統(tǒng)計學(xué)原理
如果被檢物的含量和檢測方法的空白響應(yīng)量的波動服從正態(tài)分布規(guī)律,則檢測限可用多次檢測空白的方法來確定。可信限為95%時檢測限=x空白+2.s空白;可信限為99.7%時檢測限=x空白+3.s空白。這是目前多數(shù)檢測限的確定方法。對核酸檢測方法的檢測限的理解可能與此有差別,但是原理應(yīng)是一致的[1],fqpcr檢測限也應(yīng)是推論總體與空白有統(tǒng)計學(xué)差異的最小抽樣結(jié)果。
fqpcr檢測限的統(tǒng)計推斷
假設(shè)病原體在血液等體液中的分布是隨機的,則單位體積中(如1.0 μl)病原顆粒數(shù)的分布服從poisson分布。以poisson分布的概率函數(shù)公式計算一次抽樣檢測出現(xiàn)的結(jié)果推論總體概率。從理論上來說,使用pcr測定技術(shù)測定病原體核酸序列的量可低至1個拷貝[2]。例如:血清標本中加入等量的dna提取液,于離心管中煮沸,4 ℃放置,離心,吸取上清液2 μl作模板 進行擴增檢測(2 μl上清液相當于抽樣1 μl血清)[2],其中至少有1個拷貝的hbv dna才能有典型擴增反應(yīng),這時檢測結(jié)果是1拷貝/μl。由poisson分布的概率函數(shù)公式可計算出1次抽樣檢測結(jié)果出現(xiàn)0時,推斷總體為1~9的概率見表1。
表1 總體為1~9時抽樣為0的概率及總體(略)
在fqpcr檢測hbv dna中,當30次循環(huán)后某一待測管仍檢測不到高于基線水平的熒光信號(即當ct≥30),反應(yīng)管檢測結(jié)果為0時,推論總體拷貝數(shù)為1~9的概率之和>0.581 92,總體為其他的概率之和<0.5(此時報告0拷貝的可信限度低于50%)??傮w為1時一次抽樣結(jié)果分別為1~9時的概率見表1。當一次抽樣結(jié)果≥4時,推論總體為1的概率≤0.015 33,所以對于病原體的檢測,一次抽樣反應(yīng)管檢測結(jié)果≥4拷貝時,才可推論總體與0(空白)差異有顯著性(p<0.05)。因而上述檢測血清中病原體時一次抽樣反應(yīng)管的檢測限是4拷貝/μl。當總體為1、2、3時一次抽樣結(jié)果為0的概率分別是0.367 88、0.135 34、0.049 79。如室間質(zhì)量評價樣本靶值選擇1拷貝/μl、2拷貝/μl、3拷貝/μl時,無論實驗室實際檢測質(zhì)量如何高,都將有36.79%、13.53%、4.98%的實驗室檢測結(jié)果為0而被判為不符合[按靶值的對數(shù)值gm±0.5 log(10)[9]作為可接受的定量范圍]。2005年衛(wèi)生部室間質(zhì)量評價中靶值為1.51拷貝數(shù)/μl的樣本符合率僅35.2%;mancini c 等[9]報道一些實驗室對檢測下限附近的樣本(3.00 log iu/ml)準確定量有困難;raggi cc等[10]也報道28.6%的實驗室(12/42)對最低濃度的樣本不能定量。這些都是因為檢測下限附近的樣本一次抽樣結(jié)果為0的概率太大所致,對此我們將另文詳細討論。造成上述文獻中檢測限差異較大的可能原因如下:用于10倍系列稀釋的已知高拷貝hbv dna血清本身拷貝數(shù)的差異;對檢測限的理解差異,由一次抽樣沒能檢測到典型擴增的稀釋血清管推論總體濃度為0的可信度太低(<50%);抽樣單位的任意放大:在上述hbv dna檢測中,抽樣單位是1 μl血清[如血清前處理過程中有抽提(濃縮)過程,取2 μl上清液相當于實際含12.5 μl血清,則抽樣單位也只是12.5 μl],而報告結(jié)果的單位是ml甚至l。當總體為1拷貝/μl時表示一次抽樣結(jié)果為0的概率達0.368,結(jié)果在0拷貝/μl~4拷貝/μl的概率為0.996;而總體為1 000拷貝/ml時表示一次抽樣結(jié)果為0的概率為0,結(jié)果在905拷貝/ml~1 095拷貝/ml的概率為0.997(poisson分布總體>50時近似正態(tài)分布,范圍是x±uα*√x,可信限為99.7%時uα=3);總體為100 000拷貝/l時表示一次抽樣結(jié)果在997 000拷貝/l~1 003 000拷貝/l的概率為0.997。文中推理以hbvdna的fqpcr檢測為例,其他病源體核酸的fqpcr檢測也與其相同,檢測限是抽樣反應(yīng)管的檢測限4拷貝/反應(yīng)管;如反應(yīng)管中加入模板量相當于12.5 μl血清則檢測限相當于0.32拷貝/ μl。此推斷僅是針對fqpcr技術(shù)本身的檢測限度,未就臨床上有意義的最小病源體核酸的拷貝數(shù)進行討論?!緟⒖嘉墨I】
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